Das Problem ist wirklich der Dateidialog. Dieser kann nicht Verknuepfungen umgehen. Da wir hier den bei Eclipse mitgelieferten Dialog verwenden, koennen wir ihn nicht einfach Bugfixen (wir sollten mal Bugreport bei Eclipse eintragen).
Ihn zu umgehen, halte ich fuer ein wenig aufwendig :(.
Was wir vielleicht machen sollten, waere auf der BSCWeasel Site eine Bereich mit "Bekannte Probleme" einzurichten.
Hier koennten wir das Problem schlildern und ein Workaround vorschlagen.

Kleiner Trost: Im kommenden Release wird man gewarnt, dass man eine bestehende Datei ersetzt, hilft vielleicht das Problem besser zu erkennen.

Leider koennen wir das Problem nicht loesen. Unter http://www.bscweasel.de/snipsnap/space/Bekannte+Probleme steht aber ein Workaround. Sorry :(